LuaTeX-jaを使った縦書き文書で、英文などローマ字部分のハイフネーションと
合字の表示が、ベースラインから上にずれたようになります。
合字の場合、設定するフォントによってずれる文字が変わります。
（こちらで検証したのは、Latin Modern Roman、TeX Gyre Termes、Noto Serifです。
このうちでは、Noto Serifのみ違うずれ方になります）
横書きでは問題ありません。
まだTeX Live 2016にはアップグレードしておらず、TeX Live 2015の、
リヴィジョン 40239、2016年4月4日の版のLuaTex-jaを使用しております。
最新版で修正されている問題でしたら申し訳ないのですが、
検証してくださると助かります。
サンプル・ソースは以下のとおりです。
こちらでの出力結果（Noto Serif）をファイルとして添付いたします。
よろしくお願いいたします。
\documentclass[b5j,twocolumn]{ltjtarticle}
\usepackage{fontspec}
\title{10-letter English Words, etc.}
\author{}
\date{}
\setmainfont{Noto Serif}
%\setmainfont{TeX Gyre Termes}
\begin{document}
\maketitle
California, everything, aboveboard, Washington, basketball, weathering, characters, literature, depression, volleyball, perfection, homecoming, maleficent, technology, relaxation, appreciate, salmonella, convection, watermelon, abominable, aberration, government, strawberry, retirement, contraband, Alzheimers, television, silhouette, friendship, punishment, loneliness, university, Cinderella, confidence, blancmange, renovation, abstinence, restaurant, blackboard, adaptation, generation, skateboard, helicopter, lightboard, discipline, Apocalypse, orthopedic, pilgrimage, insulation, Antarctica
* flamboyant, diffusion, qualification, affirmation
\hbox{\yoko%
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California, everything, aboveboard, Washington, basketball, weathering, characters, literature, depression, volleyball, perfection, homecoming, maleficent, technology, relaxation, appreciate, salmonella, convection, watermelon, abominable, aberration, government, strawberry, retirement, contraband, Alzheimers, television, silhouette, friendship, punishment, loneliness, university, Cinderella, confidence, blancmange, renovation, abstinence, restaurant, blackboard, adaptation, generation, skateboard, helicopter, lightboard, discipline, Apocalypse, orthopedic, pilgrimage, insulation and Antarctica
* flamboyant, diffusion, qualification, affirmation
\end{minipage}
}
\end{document}