pdfcrypt.exe を使ったPDFの暗号化を試みました．
foo.pdf を暗号化したのが new.pdf とします．
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C:\Users\Desktop> pdfcrypt foo.pdf new.pdf
Input owner password: *******
Input user password: ******
PDF document encryptor
Reading foo.pdf
java.io.IOException: Rebuild failed: trailer not found.; Original message: trail
er not found.
at com.lowagie.text.pdf.PdfReader.readPdf(Unknown Source)
at com.lowagie.text.pdf.PdfReader.<init>(Unknown Source)
at com.lowagie.text.pdf.PdfReader.<init>(Unknown Source)
at encrypt_pdf.main(encrypt_pdf.java:56)
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なにやら Java に関連したエラーが出てきたようですが理解できません．よろしくお願いします．
（追）
試行錯誤の結果，
dvipdfmx で生成された foo.pdf のPDF versionは 1.5 のときは上記のエラーになりますが，
versionを 1.4 に下げて実行すると，正しく暗号化されました．
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C:\Users\Desktop> pdfcrypt foo.pdf new.pdf
Input owner password: *******
Input user password: ******
PDF document encryptor
Reading foo.pdf
Writing new.pdf
Done.
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（１）pdfcrypt.exe は上記のように，1.4 ならば正常に処理できましたが，
単純にPDFのversionの問題と考えてよいと思いますがどうでしょうか？
（dvipdfmo で更にversionを下げて 1.2 あるいは 1.3 にして実験したところ成功しました）
（２）上記に関連したものですが
texmf-dist/tex/generic/oberdiekに pdfcrypt.sty がありますが，PDFTEX-W32.txt を読むと
pdfeTeX では、pdfcrypt 機能が削除されたとあります．上記の pdfcrypt.exe を使うようにとのこと
ですので，pdfcrypt.sty は不要になったと考えて宜しいのでしょうか．
sourceforge.jp/projects/luatex-ja/wiki/LuaTeX-ja
にある sample.tex を使いコンパイルしてみました．
コンパイル経過の一部は次の通りです．
C:\Users\Desktop> luajitlatex sample.tex
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This is LuajitTeX, Version beta-0.77.0 (TeX Live 2013/W32TeX) (rev 47)
（中途略）
Module luatexbase-mcb warning: several functions in 'define_font',
(luatexbase-mcb) only one will be active.
(c:/w32tex/share/texmf-dist/tex/luatex/luatex-ja/ltj-base.sty)
(c:/w32tex/share/texmf-dist/tex/luatex/luatex-ja/ltj-latex.sty
(c:/w32tex/share/texmf-dist/tex/luatex/luatex-ja/patches/lltjfont.sty)
(c:/w32tex/share/texmf-dist/tex/luatex/luatex-ja/patches/lltjdefs.sty
luaotfload | db : Version mismatch; expected 2.207, got 2.203
luaotfload | db : Force rebuild
（ここで約１０分経過しました）
(c:/w32tex/share/texmf-dist/tex/luatex/luatex-ja/jfm-ujis.lua)
luaotfload | db : Version mismatch; expected 2.207, got 2.203
luaotfload | db : Force rebuild
（ここで約１０分経過しました）
luaotfload | db : Version mismatch; expected 2.207, got 2.203
luaotfload | db : Force rebuild
（延々と続く）
※ 結局，コンパイル開始から約１時間経過後，
luaotfload | db : Force rebuildAttempt to allocate memory failed.
となり，コンパイルは失敗で終了しました．
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このようにコンパイル時間が異常に長い原因に対処するにはどうすれば
よいでしょうか？
dvipsk-w32.tar.xz および win64/dvipsk-w64.tar.xz に新しいプログラム ps2otfps.exe を入れました。 これは Japanese OpenType fonts を用いて dvips によって 作成された PostSctipt ファイルを Ghostscript で 扱えるように書き換える簡単なプログラムです。 ユーザがしなければいけないことは、OpenType fonts を PostScript 名で Ghostscript の Resource/CIDFont に コピーして置くことだけです。 Resource/Font に沢山の ファイルを作成しておく必要はありません。 ただし今のところ、サポートする OpenType fonts は HiraginoPro, HiraginoProN, KozukaPro, KozukaPr6N だけです。 また元の PS ファイルにバイナリ データは無いものと仮定しています。 やっていることは簡単で、 例えば、dvips で作成した次の test.ps %!PS-Adobe-2.0 %%Creator: dvips(k) 5.993 Copyright 2013 Radical Eye Software %%Title: test.dvi %%CreationDate: Mon Sep 30 11:41:08 2013 %%Pages: 1 %%PageOrder: Ascend %%BoundingBox: 0 0 596 842 %%DocumentFonts: HiraMinPro-W3-H CMR10 %%DocumentPaperSizes: a4 %%EndComments %DVIPSWebPage: (www.radicaleye.com) %DVIPSCommandLine: dvips -u+hiragino-ps test %DVIPSParameters: dpi=600 %DVIPSSource: TeX output 2013.09.30:1139 %%BeginProcSet: tex.pro 0 0 ... ... を ps2otfps test.ps test1.ps で変換すると、test1.ps は %!PS-Adobe-2.0 %%Creator: dvips(k) 5.993 Copyright 2013 Radical Eye Software %%Title: test.dvi %%CreationDate: Mon Sep 30 11:41:08 2013 %%Pages: 1 %%PageOrder: Ascend %%BoundingBox: 0 0 596 842 %%DocumentFonts: HiraMinPro-W3-H CMR10 %%BeginFont: HiraMinPro-W3-H /HiraMinPro-W3-H /H /CMap findresource [/HiraMinPro-W3 /CIDFont findresource] composefont pop %%EndFont %%DocumentPaperSizes: a4 %%EndComments %DVIPSWebPage: (www.radicaleye.com) %DVIPSCommandLine: dvips -u+hiragino-ps test %DVIPSParameters: dpi=600 %DVIPSSource: TeX output 2013.09.30:1139 %%BeginProcSet: tex.pro 0 0 ... ... のようになって、 Ghostscript で扱えるようになります。