$TEXMFMAIN\tex\cslatex\base\hyphen.cfg
[1997/01/30 CSLaTeX] (更新日時は2006年1月13日、8:45:24)
に
$TEXMFMAIN\tex\generic\babel\base\hyphen.cfg
[2025/08/03 v25.12 Babel hyphens](更新日時は2025年8月4日、4:05:06)
を上書きするというのは損失であり、おっしゃるようにダメだと思うので、改めてご指南の通り、
$TEXMFMAIN\tex\generic\babel\base 内のフォルダ・ファイル
を1階層上の$TEXMFMAIN\tex\generic\babel に移動し、(私は mktexlsr は一切使っていないので)
kpsewhich -a hyphen.cfg
を実行したところ、
c:/usr/local/share/texmf-dist/tex/cslatex/base/hyphen.cfg
c:/usr/local/share/texmf-dist/tex/generic/babel/hyphen.cfg
と出力されました。この状況下で fmtutil-sys --all を実行すると、dvilualatex-dev.fmt は作成されませんでした。
念のため dvilualatex-dev.log を添付します。