hyphen.cfg のファイルの最新は 2012/12/22
というのは、generic babel のものだと思いますので、
一般的には、このファイルを cslatex の同名ファイルと置き換えてはダメです。
さて kpsewhich -a hyphen.cfg の結果が
> $TEXMFMAIN\tex\cslatex\base\hyphen.cfg
> $TEXMFMAIN\tex\generic\babel\base\hyphen.cfg
とのことですが おそらく generic の方がディレクトリ階層がひとつ深いので cslatex が 優先選択されたのではないかと推測しています。
なので generic の方から $TEXMFMAIN\tex\generic\babel\base 以下のものを
一階層上の $TEXMFMAIN\tex\generic\babel
に移動してみて、mktexlsr
実行後
kpsewhich -a hyphen.cfg
を再試行してみてはいかがでしょうか?
なお、 cslatex に含まれているファイルの最終更新日は 2012/12/12 です。 もちろんそこに含まれる hyphen.cfg は 2006/1/13 の日付です。