W32TeXでしか確認してないのですが、
\documentclass{jarticle}
\pagestyle{empty}
\usepackage{txfonts}
\begin{document}
$\bar{x}$
\end{document}
ファイル添付の方法がわからないので説明しにくいのですが、
フォント埋め込み無しだと\bar{}が長くなります。
dvipdfmx -f dlbase14でフォント埋め込むと正常と思います。
http://oku.edu.mie-u.ac.jp/~okumura/texfaq/qa/28906.html
で話題に上がったようですが解決に至っていないようです。
クローンフォントを埋め込むのが現実的な解でしょうか。