TeX Live 2020にバージョンアップしてから起きているように思えますが、記憶違いかもしれません。
okumacroとしては、
/usr/local/texlive/2020/texmf-dist/tex/platex/jsclasses/okumacro.sty
を使っているようで、これは、以下のリンク先にあるものに一致しているようです。diffをとりましたが違いがありません。
https://github.com/texjporg/jsclasses/blob/master/okumacro.sty
この現象がこういうものなのか、それとも不具合なのかもよくわかっていないのですが、情報をいただければありがたいです。
ソースコードは上のリンクからもたどれますが、以下にも貼り付けておきます。
\documentclass[a5paper,10pt]{article}
\usepackage{amsmath,amssymb}
% \usepackage{okumacro}
\begin{document}
\noindent\rule{\textwidth}{1pt}
\begin{xalignat*}{2}
x^2 + y^2 &= r^2 \\
x^2 + y^2 &= r^2
\end{xalignat*}
\noindent\rule{\textwidth}{1pt}
\noindent\rule{\textwidth}{1pt}
$$
x^2 + y^2 = r^2
$$
\noindent\rule{\textwidth}{1pt}
\end{document}