OS X El Capitan で 以下のサンプルのような内容に濁点半濁点がファイルを uplatex + dvipdfmx で処理すると、「が」--> 「か」+「゛」のようになってしまいます。
\documentclass{ujarticle}
%\documentclass[uplatex]{jsarticle}% どちらでも同じ
\begin{document}
「がぎぐげご」
\end{document}
なお platex 対応すれば問題は発生しません。
OSX では今まで pdf や Web Browser から濁点半濁点の文字列をコピペするとこの問題が元々ありましたが、El Capitan から一文字に見えるものは分けないように変更されたようで文字コード自体も変わっているようです。編集して保存するとこの部分に差分が生じてしまいます。(私は emacs を utf-8 で操作しています)