こういうことのようです。
\documentclass{article}
%\usepackage{luatexbase}
\usepackage{expl3}
\ExplSyntaxOn
%↓luatexbaseを読み込むとコレが未定義になる
\show \xetex_suppressfontnotfounderror:D
\ExplSyntaxOff
\begin{document}
\end{document}
新しい luatexbase は旧来の LaTeX の慣習との互換性のために、\catcodetable を含む数個のプリミティブに luatex を付けた別名を与えています。
\let\luatexattribute\attribute \let\luatexattributedef\attributedef \let\luatexcatcodetable\catcodetable \let\luatexluaescapestring\luaescapestring \let\luatexlatelua\latelua \let\luatexoutputbox\outputbox \let\luatexscantextokens\scantextokens
ところが、expl3 では \luatexcatcodetable が定義済の場合、古い LaTeX である（つまり全部 luatex 付きである）と見なして luatex 付きの名前からコピーをします。
\etex_ifdefined:D \luatexcatcodetable \tex_let:D \luatex_alignmark:D \luatexalignmark \tex_let:D \luatex_aligntab:D \luatexaligntab \tex_let:D \luatex_attribute:D \luatexattribute \tex_let:D \luatex_attributedef:D \luatexattributedef ...... \tex_let:D \xetex_suppressfontnotfounderror:D \luatexsuppressfontnotfounderror ...... \tex_let:D \luatex_textdir:D \luatextextdir \tex_fi:D
しかし、実際には新しい LuaLaTeX では \luatexsuppressfontnotfounderror は未定義（\suppressfontnotfounderror は存在する）なので、結果的に \xetex_suppressfontnotfounderror:D は未定義になってしまいます。