絶対トラブルは嫌なら勿論 (1) です。
unicode で Emacs ベースで TeXLive 2015 を利用しているので参考になるかどうかは不明ですが、会社利用も含め3台を El Capitan にしましたが、 LaTeX の利用には特に問題となるようなことは今の所ありません。他でも特に問題は起きていません。
アップグレード時に発生したことで気になるのは、友人の情報も含めるとハードウェア構成(特に HDD か SSD)や /usr/local の容量次第で、所要時間は 1 時間から 6 時間。
また非純正の USB ネットワークアダプターを利用していましたが、yosemite まで利用していたドライバーは NG となりアップデートで対応。
トラブルらしいものはこの程度でした。
インターネットの情報によれば、java などのアップデートが必要になる場合があるようですが、私の感想としては「日本語変換が速くなった」というのが嬉しい誤算でした。
テキスト編集画面とプレビューなど二つのウィンドウをサイドバイサイドで表示できる画面二分割機能も利用価値は大きいと感じています。
少々横道に逸れ気味なのでこの辺りで。