画像を参照してpdfファイルに埋め込みたいのですが
ファイルパスにスペースを入れてはならないことは知っていますが
%も入れることはできないのでしょうか？
\%とかにしてもうまくいかないのですが、
%がパス名に入ったものを扱うことは可能でしょうか？
すいません、質問文が間違えています
pdfファイルではなくpng画像ファイルです。
\documentclass{jsarticle}
\usepackage[dvipdfmx]{graphicx}
\begin{document}
\catcode`\%=12
\includegraphics[width=3cm]{pic%01.png}
\catcode`\%=14
\end{document}
を試して見ると以下のエラーが出てうまくいかないのですが
! LaTeX Error: File `pic%01.xbb' not found. Use -shell-escape option to generat
e automatically.
See the LaTeX manual or LaTeX Companion for explanation.
Type H for immediate help.
pdfファイルではなくpng画像ファイルです。
\documentclass{jsarticle}
\usepackage[dvipdfmx]{graphicx}
\begin{document}
\catcode`\%=12
\includegraphics[width=3cm]{pic%01.png}
\catcode`\%=14
\end{document}
を試して見ると以下のエラーが出てうまくいかないのですが
! LaTeX Error: File `pic%01.xbb' not found. Use -shell-escape option to generat
e automatically.
See the LaTeX manual or LaTeX Companion for explanation.
Type H for immediate help.
スペースが含まれる場合は，マルチドットの場合と同様に grffile.sty を使うのが常套手段です。
しかし，extractbb を使用する platex + dvipdfmx では extractbb に引数を正しく渡せないのではないかと思います。
pdflatex や lualatex なら grffile パッケージを使うとよいでしょう。
手元の TeX Live 2014 では
\documentclass{jsarticle}
\usepackage[dvipdfmx]{graphicx}
\begin{document}
\catcode`\%=12
\includegraphics[width=3cm]{./%%%/pic%1.png}
\catcode`\%=14
\end{document}
で埋め込みに成功します。
仮に myu myo さんが TeX Live 2013 以前をお使いであれば，うまくいかないのかもしれません。
TeX Live 2014 以降では .xbb ファイルを吐かずに画像情報を取得しますが，TeX Live 2013 以前では .xbb ファイルを吐いていたと記憶しています。
この .xbb を吐いてそれを読む仕組みでは上手く行っていないかもしれません。
\catcode は TeX の命令で，LaTeX ユーザが安易に扱うべきものではないという認識です（学びたければ別ですが）。
% については簡単な方法が見当たらないので，とりあえず Kakuto さんや匿名さんのように \catcode を使う方法でしのぐしかありません。（少なくとも私は他の方法を知りません）
スペースについては grffile という LaTeX パッケージで対応できますので，これを使ったほうが楽です。ただし extractbb の自動実行による方法は失敗しますので，事前に
extractbb "pic 01.png"
を実行して pic 01.xbb というファイルを生成します。中身の bb 情報を読んで，以下のように明示的に指定します。
\documentclass{jsarticle}
\usepackage[dvipdfmx]{graphicx}
\usepackage[space]{grffile}
\begin{document}
\includegraphics[bb=0 0 310 220,width=3cm]{pic 01.png}
\end{document}
これなら通るのではないでしょうか。
# 上の bb は手元で試した適当な png ファイルの値ですので，実際は .xbb ファイルを読んで指定。