METAFONT(mf)から作られたビットマップフォント(pk)は PDF では Type3 として扱われます。（事実上、Type3 はそれに限るといってよい。） だから、Type1 のみにしようと思えば、「Type1 形式のものがある」と把握しているフォント（例えば Times とか Computer Modern とか AMSFonts）のみを使うようにする他ありません。
文書の中で、どのフォントが Type3 になっているか分からないでしょうか？（拡大表示した時にギザギザになるものは Type3 です。） あるいは、使っている「フォント（数学記号）関係」のパッケージを教えていただければこちらで判断できるかも知れません。
もし、全部のフォントが Type3 になっているのだとすると、それは DVI ウェアの設定が不正である可能性が高いです。