microtype でエラーが出ることに関しては、要するに「ltjsarticls クラスとmicrotypeパッケージの組み合わせが失敗する」ようです。(つまり pandoc は無関係。)例えば単純に
\documentclass{ltjsarticle}
\usepackage[microtype}
\begin{document}
Test
\end{document}
でも同じエラーになります。
で、このエラーの原因ですが、(完全には追っていないですが今の推定では)次のようなことらしいです。
microtype が微妙なトリックを使っている(具体的には\MT@get@sizeの箇所)ので、ltjsarticle のように「\normalsizeの中で if 文を使っている」場合は失敗する。
microtype のバグといっていいと思いますが、ltjsarticle で次のようにすれば回避できると思います。
\def\ltj@@ifnarrowbaselines{%
\ifnarrowbaselines\expandafter\@firstoftwo
\else \expandafter\@secondoftwo
\fi
}
\renewcommand{\normalsize}{%
\ltj@@ifnarrowbaselines
{\@setfontsize\normalsize\@xpt\@xiipt}%
{\@setfontsize\normalsize\@xpt{\n@baseline}}%
\abovedisplayskip 11\p@ \@plus3\p@ \@minus4\p@
...
}
(\small、\footnotesize も同様に直す)