lualatexの力を借りてMarkdown ファイル sample.txt を pandoc を使って PDF に変換しようとすると次のエラーが出ました．(以前(2012/9頃)は正しく処理出来た) 対処方法よろしくお願いします．
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C:\Users> pandoc sample.txt -o sample.pdf -V documentclass=ltjsarticle --latex-engine=lualatex
! LaTeX Error: *** NFSS release 1 command \define@mathgroup found
*** Recovery not possible. Use \DeclareSymbolFont.
l.53 \define@mathgroup
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岩崎さんご返事ありがとうございます．
そもそもは，岩崎さんのブログを読んでmarkdown/pandoc を知りました．
> -sオプションの追加、出力ファイル名sample.pdf→ sample.tex
これで実行したところ，自分も microtypeパッケージ でエラーになりました．
いろいろ実験してみました．documentclass=ltjltxdoc として次のように実行．
pandoc -s sample.txt -o sample.tex -V documentclass=ltjltxdoc --latex-engine=lualatex
するとWarnningは出ますがpdf は生成されました．
さて，最初の質問のエラーですが，自分のシステムにおいて
alatex209 というディレクトリがあり，これが邪魔していた様で，これを削除し，
pandoc sample.txt -o sample.pdf -V documentclass=ltjltxdoc --latex-engine=lualatex
とするとWarnningもなく，pdf は生成されました．
ご迷惑をおかけしました．
microtype でエラーが出ることに関しては、要するに「ltjsarticls クラスとmicrotypeパッケージの組み合わせが失敗する」ようです。（つまり pandoc は無関係。）例えば単純に
\documentclass{ltjsarticle}
\usepackage[microtype}
\begin{document}
Test
\end{document}
でも同じエラーになります。
で、このエラーの原因ですが、（完全には追っていないですが今の推定では）次のようなことらしいです。
microtype が微妙なトリックを使っている（具体的には\MT@get@sizeの箇所）ので、ltjsarticle のように「\normalsizeの中で if 文を使っている」場合は失敗する。
microtype のバグといっていいと思いますが、ltjsarticle で次のようにすれば回避できると思います。
\def\ltj@@ifnarrowbaselines{%
\ifnarrowbaselines\expandafter\@firstoftwo
\else \expandafter\@secondoftwo
\fi
}
\renewcommand{\normalsize}{%
\ltj@@ifnarrowbaselines
{\@setfontsize\normalsize\@xpt\@xiipt}%
{\@setfontsize\normalsize\@xpt{\n@baseline}}%
\abovedisplayskip 11\p@ \@plus3\p@ \@minus4\p@
...
}
(\small、\footnotesize も同様に直す)