森さんが local のシステムをどのように改変されているのか、書かれていること試しに、TEXMFMAIN(S)を環境変数から外してみましたところ、ウォーニングの問題も解決しました。これで全て解決です。だけからは把握し難い気がします。texmf.cnf に関わるような環境変数 TEXMFMAINや TEXINPUTS、そして一見ありそうで実は謎の TEXMFMAINS (これは何に必要なんですか?)が定義されていたり……
どうもありがとうございました。
私はTeXは二十数年間使っていますが、その間にどの環境変数が使われなくなったかはよく把握していませんでした。なかなか説明不十分のところもあり申し訳ありませんでしたが、それにもかかわらず十分お力添えいただき、皆様には感謝感謝です。
ちなみにTEXMFMAINSはTEXMFMAINの中で、一部切り出したものです。TEXMFMAINのパスの中から参照していたものが、参照部分が消えてしまったものです。すいません。