mathptmx パッケージを使用した LaTeX 文書に、graphicx パッケージで PS 図（gnuplot 4.0 の出力） を貼り付けてあります。
\documentclass{article}
\usepackage{mathptmx}
\usepackage[dvips]{graphicx}
\begin{document}
\begin{center}
\includegraphics[width=50mm]{fig1.ps} \\
Fig.1: $y=\psi(x)$
\end{center}
\end{document}
これを texlive 2011 の latex で処理し、dvips(5.991) で PS ファイルに変換すると、PS図中の文字が一部脱落してしまいます。本文中でギリシャ文字を使うと、図中のギリシャ文字が脱落する例を確認しましたが、ローマン体やイタリック体は一見不規則に脱落するように見えます。PS 図中に含まれるフォントは Times-Roman, Times-Italic, Symbol のみです。mathptmx パッケージを使用しなければ問題ありません。また、dvipdfmx で PDF に変換したものは正常に表示・印刷できます。なお、tetex3.0 の dvips(5.96dev) ではこのような問題は起こっていませんでした。
まだ問題の切り分けが十分でありませんが、お気づきの点などありましたら情報をいただけると幸いです。よろしくお願いします。