ご返信ありがとうございます。
>もし multicol パッケージを用いているのであれば，
>多段組部分で \marginpar が使えないのはそのパッケージの「仕様」です．
はい、multicolパッケージを用いてます。
>そもそも「個々の注釈をどう配置するか」という点から考え直す必要がある
>（実際，3 段以上の段数の文書で，最初または最後の段以外の段に設定された傍注をどこに出力することにするかといった問題がある）ので，
>ここで一から具体的に
>説明できるような代物ではありません．
そうですね。3段組の利用から考え直してみようと思います。
ありがとうございました。