UTF-8のBOM付きと不付きの２つのソースファイルを作成し
eplatex -kanji=utf8 file[.tex]
としてコンパイルすると両方ともＯＫでした．
因みにUnicode(BE) と (LE) についても実験しました．
こちらはコンパイル中断となりました．
Unicode と UCS については奥深いもおがあるようで混乱します．
さて，UTF-8 を使うとすれば BOM 付きにするか，あるいは不付き
とするか迷います．皆様方のご意見を伺いたいと思います．
TeX での UTF-8／UTF-16 の入力の扱いをまとめると次のようになります：
- 8 ビット欧文 TeX（pdfTeX）+ LaTeX の UTF-8 入力エンコーディング指定： UTF-8（BOM無）も UTF-8（BOM有）も OK。（もちろん UTF-16 はダメ。）
- (e-)(u)pTeX で入力漢字コード（
-kanji）が utf8： UTF-8（BOM無）も UTF-8（BOM有）も OK。 - (e-)(u)pTeX で入力漢字コード（
-kanji）が utf8 以外： この場合でも UTF-8（BOM有）は UTF-8 として読み込まれる。「UTF-8 の BOM のバイト列」がないものは「指定の入力漢字コード」とみなされる。 - XeTeX （
\XeTeXinputencodingが空（既定値））： UTF-8（BOM有／無）、UTF-16（BE／LE；BOM有／無）の全てを（自動判別して）受け付ける。 - LuaTeX （入力フィルタ設定なし）： UTF-8（BOM有／無）のみを受け付ける。
※ Windows の文字コードの用語では「Unicode」は「UTF-16」のことです。当然ながら、「UTF-8 用の設定」では「Unicode」（= UTF-16）のファイルは扱えません。
余談ですが：
1 で UTF-8（BOM有）が OK なのは現在の欧文 TeX が入力ファイルの先頭の「UTF-8 の BOM のバイト列」を常に無視するからのようです（W32TeX と TeX Live 2010 で確認）。少し昔の欧文 TeX はそうではなかったと記憶しています。いつ変わったのでしょうかね…。