もし用紙サイズ指定を行うとして、現状での最良の策は
\documentclass[a4paper,11pt]{jsarticle}
\usepackage[driver=dvipdfm,truedimen,margin=2cm]{geometry}
とすることになっています。（a4paper をgeometry側で指定しても同じ。）
jsクラスに関する基本的な注意として「基底フォントサイズを変更する時は長さ単位に true を付ける必要がある（1cm → 1truecm）」（参考：FAQの先頭項目）という点がありますが、geometryの truedimen は 「a4paper を true にするもの」と考えてください。ちなみに、上の指定だと 2cm は実際には2.2cmになり、2cmにするには 2truecm とする必要があります（原則通り）。