gs: command not found
というのは Ghostscript がインストールされていない（あるいはパス設定が間違っている）ということですので，pTeX の再インストールとか \usepackage{utf} を消したこととかは関係ないと思います。きっと今回いろいろな作業をされたときに Ghostscript もインストールされた（あるいはパス設定が直った）のでしょうね。結果がよければどうでもいいことですが。
TeX ソースと EPS を受け取れるところは国内では非常に限られていますね（もしかしたら本田さんのところかも :-) ）
ただ，EPS はほんとうに曲者ですので，今回はたまたまうまくいったのだろうと思いますが，今後は個々の図を PDF で受け付けてくれると Ghostscript も不要になりますし，著者にとっても楽になるかもしれませんね。