OTFパッケージにおいてJIS X 0213:2004の例示字形の変更に対応したものをv1.7b1として公開致しました．
スタイルファイルのオプションでjis2004を指定すると，変更された例示字形を使うようにします．
JIS X 0208内の160文字については，vfでcidを直接指定して，\CIDコマンドで使用するフォントに飛ばしています．
上記の160文字というのは，変更のあった168文字からJIS X 0208外の1文字とAdobe-Japan 1-xでは区別しない7文字を除いたものです．下記の資料を参考にしました．
http://www.adobe.com/jp/support/type/pdfs/JIS2004_Comparison.pdf
また，\UTFコマンドを使用した際も（Cmapとフォントが適切に設定されていれば），変更された例示字形が用いられます．
なお，実際に変更された字形になるかは使用するフォントの実装に依存しますのでご注意下さい．
更に，ぶら下げ組みにも対応しました．ちょうど行末にきた句読点は全角ドリになります．
ルビ用のフォントについては，例示字形の変更もぶら下げ組みも対応していません．
テストが不十分なため，不具合があることが予想されます．お試しの上，ご指摘戴ければと存じます．よろしくお願いします．
齋藤様，
素晴らしいパッケージを提供くださり感謝いたします。
OTF 2010/3/27 v1.7b1 をさっそく試させていただいております。
ところで，このバージョンを upTeX-0.29 にインストールし，
\UTFK を試しましたところ，upnmlminr-v を探しにいってしまい
組版に失敗します。
otfcurrent では upTeX-0.29 でも使えておりました。
ptexlive 2009 (20100308) では問題ありません。
再現する原稿と，ログのエラーを以下に挙げます。
（原稿）
\documentclass[uplatex]{jsarticle}
\usepackage[multi]{otf}
\begin{document}
\UTFK{D0DC}
\end{document}
（エラー）
LaTeX Font Info: Checking defaults for JT2/mc/m/n on input line 7.
LaTeX Font Info: ... okay on input line 7.
LaTeX Font Info: Font shape `JT2/hmc/m/n' will be
(Font) scaled to size 9.24683pt on input line 7.
! Font JT2/hmc/m/n/10=upnmlminr-v at 9.24683pt not loadable: Metric (TFM) file
not found.
<to be read again>
relax
l.7 \begin{document}
-------ここまで
ちょっと私の調べ方が足りないかも知れません。
切り分けがつきませんが，この場を借りてご報告させて
いただきました。
素晴らしいパッケージを提供くださり感謝いたします。
OTF 2010/3/27 v1.7b1 をさっそく試させていただいております。
ところで，このバージョンを upTeX-0.29 にインストールし，
\UTFK を試しましたところ，upnmlminr-v を探しにいってしまい
組版に失敗します。
otfcurrent では upTeX-0.29 でも使えておりました。
ptexlive 2009 (20100308) では問題ありません。
再現する原稿と，ログのエラーを以下に挙げます。
（原稿）
\documentclass[uplatex]{jsarticle}
\usepackage[multi]{otf}
\begin{document}
\UTFK{D0DC}
\end{document}
（エラー）
LaTeX Font Info: Checking defaults for JT2/mc/m/n on input line 7.
LaTeX Font Info: ... okay on input line 7.
LaTeX Font Info: Font shape `JT2/hmc/m/n' will be
(Font) scaled to size 9.24683pt on input line 7.
! Font JT2/hmc/m/n/10=upnmlminr-v at 9.24683pt not loadable: Metric (TFM) file
not found.
<to be read again>
relax
l.7 \begin{document}
-------ここまで
ちょっと私の調べ方が足りないかも知れません。
切り分けがつきませんが，この場を借りてご報告させて
いただきました。