W32TeXでTeXworksを勉強中です。
pdfplatex.batというファイルが
@echo off
platex -synctex=1 -kanji=utf8 %*
dvipdfmx %*
となっていて，TeXworksからは$basenameで呼び出していますが，これだと *.ltx とか *.dtx とかが処理できないようです。
$fullnameにして
platex -synctex=1 -kanji=utf8 %1
dvipdfmx %~n1
のようにすればうまくいくように思います。
Windowsのバッチファイルの書き方がいまいちよくわかっていないので，これで本当にいいかちょっと不安ですが。
> 日本語フォントを埋め込む設定だけが面倒なところです。
これについては、自分のサイトで少し解説記事を書いたことがありますが、TeXWorksに関して言えば、pdfplatexバッチファイルの中で
dvipdfmx -f msembed.map
といったように埋め込み可能なmapファイルを読み込むようにしていただくと、「日本語が出ない」とハマる人は少なくなるのではないかと思います。
埋め込むフォントについては、TeXのインストール以外に特に必要な作業なしに入手できる（OS同梱、あるいはTeXディストリに同梱）ことはもちろんですが、ライセンスや字形などを考慮して判断していただければと思います。
これについては、自分のサイトで少し解説記事を書いたことがありますが、TeXWorksに関して言えば、pdfplatexバッチファイルの中で
dvipdfmx -f msembed.map
といったように埋め込み可能なmapファイルを読み込むようにしていただくと、「日本語が出ない」とハマる人は少なくなるのではないかと思います。
埋め込むフォントについては、TeXのインストール以外に特に必要な作業なしに入手できる（OS同梱、あるいはTeXディストリに同梱）ことはもちろんですが、ライセンスや字形などを考慮して判断していただければと思います。