和田勇 様
迅速な回答をいただきありがとうございます。
jlreq_QA_main-2.texの \CHAPTER のマクロで、本文中（\mainmatter）では希望通りのヘッダが作成できました。
また、デバッグ用のコマンドも大変助かりました。
しかし、それ以外の目次（\tableofcontents）や付録（\appendix）ではいくつか問題が残っています。
目次
1ページ目のヘッダをページ番号のみ（つまりfirst）、2ページ目以降を「目次」「ページ番号」としたいが、\thispagestyle{first}を\tableofcontents直後に入れると当然目次の2ページ目に適用されてしまいます。
これを解消するには\tableofcontentsをマクロで書き換える必要がありそうな気がしますが、私の知識では解決できませんでした。
付録
\mainmatterとそれ以外では動作が違うようなので、mybookからmarkformatのみを変えたAppbookを作成しましたが、1ページ目はfirst、2ページ目はApbookが適用されたようなのですが、付録の最終ページだけページ番号しか出力されません。
\NewPageStyle{Appbook}{%
%odd_head_format={\makebox[\jlreqyokoheadlength]{#1}},
nombre_position = top-right,%
running_head_position = top-left,%
odd_running_head = _section,%
even_running_head = _chapter,%
mark_format = {_chapter={付録 \thechapter \quad #1}},%
odd_head_format={\underline{\makebox[\jlreqyokoheadlength]{#1 odd}}},%% ⇦【デバッグ用、どこからヘッダーが生成されているか確認用デバッグコード挿入】
even_head_format={\underline{\makebox[\jlreqyokoheadlength]{#1 even}}}%% ⇦【デバッグ用、どこからヘッダーが生成されているか確認用デバッグコード挿入】
}
以上の2点について解決案があればご教授願います。
また、少し関係のない質問ですが、今回の質問のようにjlreq+bookでヘッダを編集する方法は、一般的なのでしょうか。今回ご提案いただいた方法が最善なのか、またほかの最適な方法があるのか、もしご存じでしたら教えていただけると幸いです。
いただいたコードを再編集した最新版のtexファイルを添付いたします。
以上よろしくお願いいたします。