つまり /usr/local/texlive/2025/texmf-dist/web2c/texmf.cnf の TEXINPUTS に関する記述に 何らかの違いがあり、 kpsewhich graphicx.sty の結果は、質問者さんの環境では plate/...
のものを指しているかと思います。
① texmf-dist/tex/platex/misc/graphics/graphicx.sty (追加したもの)
② texmf-dist/tex/latex/graphics/graphicx.sty (TeX Live本来のもの)
の両方があった場合、platexを実行した場合にだけ①が優先されます。lualatexなどの他のエンジンを実行した場合は②が優先されます。パスがplatexだからです。
これは-progname付でkpsewhichを実行してみればわかります。