質問の意図を読み違ってるのか疑問ですが ...
添付の TeXworks の画像を見る限り、PhiSci や infinite contradicti 付近の行間と
その他の和文部分の行間は同じように見えます。
ひょっとして「あとがき」の前は全て欧文で、「あとがき」部分から行間が狭く感じられるのでしょうか？
それでしたら 【LaTeX】行間を変える方法【部分・全体】 を参考にしてみてはどうでしょうか？
参考にならないかもしれませんが、12pt ベースで検証用に作成した .tex .pdf も添付します。