和田様
ご指摘の「2」が「3」となるべきではないかという点ですが、私のほうでは何度試しても「2」のままでした。
texmf.cnf.lua の更新方法がまずかったのでしょうか。そうであれば、ご指摘いただければと思います。
texmf.cnf.lua を書き換え、mktexlsr を実行してから実験に入りましたが、何度試しても結果はこちらでは「2」のままでした。
添付ファイルの通りです（先のレスのファイルはWindowsファイルのログインユーザ名公開に問題があるため、削除依頼を出しております。rerult2.txtは削除依頼を出したファイルとWindowsファイルのログインユーザ名が異なるだけで同じです）。