和田様、昨日は多忙のため、返信遅れまして、申し訳ありませんでした。
1.「当該5桁のファイルが一太郎とかMS Word等でフォントで利用できる とのことですが」について
Adobe以外の他社アプリから小塚フォント等が利用できるにはできますが、当該フォントの実体やらアクセス方法について、ブラックボックスとなっており、（ネットで検索した情報も含め）一般には明らかにはなっていません。特殊なアクセス方法だということしか言えないと思います。
2. 「小塚フォントのインストール方法について」について
Adobe CCを利用する前提となりますが、小塚フォント等は「Creative Cloud Desktop」というソフトからインストールすることとなります。それ以外からのインストールはできない仕様になっています（ライセンス的にもそうです）。和田様のおっしゃっているような一般的なフォントインストールとは（このようなプロプラエタリなフォントの場合だと）異なります。
以前のシステムで「 %LOCALAPPDATA%\Microsoft\Windows\Fonts 」に小塚フォントが配置されていたか否かですが、おそらくなかったと思います（現行のシステムでもそうですが）。
3. こちらでの追加検証について
シンボリックリンクで問題なかったものが今回のトラブル発生後に問題となりました（既出）。
シンボリックリンクではなく、ハードリンクを張るとなると、問題が解消します。
このことから、何らかの原因で小塚フォント等のシンボリックリンク（正確にはそのリンク先でしょうか。）をTeX Live 2024側から見ることができない状況に陥ったため、今回のトラブルが顕在化したように思います。
TeX Liveは2024（最新）をトラブル前/後通じて利用しています。利用の際に基本的には適宜最新化を行ってから利用するようにしています（万一トラブル発生した際には、状況次第でバックアップから戻したりもいたしますが）。
OSはWindows 11 Proを利用していますが、24H2（最新バージョン）ではなく、23H2ならどうなのかとか深掘りすることもできるでしょうけども、いまは24H2を入れて運用を始めてしまっているので、23H2に一旦戻して、ということの検証を時間的に行えない状況です。ただし、24H2と23H2でシンボリックリンク絡みの変更が加わったという話はなかったはずです（万一見落としがあるようなら、申し訳ありません）。
Adobe FontsはAdobeから定期的に自動インストールが適宜行われる（手動でそれを拒否できません。）ため、インストールされるフォントファイルにスクランブルがかけられていることは従前からあるも、スクランブルの仕様変更がいつどのタイミングで行われるかはブラックボックスになっています。
これらの複合的要因により、トラブル発生となったと思います。
かりにTeX Live側のアップデートに問題がないならAdobe Fontsの仕様変更が要因で、Adobe Fontsの仕様変更がないならTeX Live側のアップデートが要因だ、という感触を受けます。前者ならばプロプラエタリなフォントのため、どうしようもないという感じになりそうです。後者ならば、このスレッドのやりとりが"バグ報告"のような感じになるのかもしれません。
和田様には何度も何度もご対応いただきまして、ありがとうございました。