前回の和田様の回答に関して、撤回した方が良いと思われる点があるとのこと、了解いたしました。
後述の事情から返信遅れまして、申し訳ありませんでした。
Adobe Fonts の小塚フォントの配布形態ですが、今回のトラブル前/後で変化はありません。
ただし、ダウンロードされる、例の数字5桁の拡張子なしファイルにかけられているスクランブルの方式変更があった可能性は排除できなさそうです。LuaLaTeX絡みの設定を基本的にいじっていなかったこと、TeX Live 2024のアップデートに際し、今回のトラブル発生を引き起こすような仕様変更が生じてしまう変更が加わったわけではないことがその理由です。
また、当該5桁のファイルが一太郎とかMS Word等でフォントを普通に他のフォントと同じく選択して入力できることを考えますと、フォント側の仕様変更の線が強くなりそうです。ただ、そうなりますと、私に限らず、他の方でも今回ここで述べたのと同様のトラブルに陥るかと思います。
TeX Live 2024が正式リリースされて以降は当該バージョンを使っていましたので、トラブル前/後でTeX Liveのバージョンは2024で一致しています。アップデートのパッチがどこまであたっていたかということまで加味すれば、コンパイルするそれぞれの時点で、2024の中での最新版にしたかどうかという差があるということとなるでしょうか。
texmfcnf.lua についてはトラブル前/後で一致していました。タイムスタンプの古いものと新しいものがあっても完全一致となっていました（古いものを事前に紙ベースでプリントアウトをしたことにより、確認済み。）ので、新しい方をアップいたします。
実際、昨夜から今日にかけて OS を再インストールし直し、その上で TeX Live 2024 を最新のアップデートまで施す形でインストールし直し、Adobe Fonts もインストールし直しました。この関係でさきのタイムスタンプの古いものが出せなくなりました。
それでも症状改善に至りませんでした。
和田様のご尽力をいただきながらも解決できなかったこと、申し訳なく思います。
Windows 11（10 x64でも本質的に変化はないと思いますが…。）ユーザかつAdobe CCの契約者でフォントの配置をこのスレッドでのべたような仕方でファイルを配置しての実機検証できる方がもしおられるようならば、そのような方からのコメントを待ちたいと思います。