セクション番号を
1
2
3
4
5
ではなくて、
1
2
3.1
3.2
4
といった感じにしたいのですが、どうすれば宜しいでしょうか？
どういう UI がご所望ですか？
どうやるにせよ，\section（あるいは「副番号付きの節」用のコマンド）の際に「節の副番号」用のカウンタを進めることになるわけですが，\section のままで記述できるようにするには subequations 環境と似た細工が要りますね．
とりあえず，添付のサンプルのようなことは可能です．
section カウンタの値を手動で管理するのが嫌でなければ，次のような手もあります．
...
\section{...}%%% 1
...
\section{...}%%% 2
...
\def\thesection{3.\arabic{section}}
\setcounter{section}{0}
\section{...}%%% 3.1
...
\section{...}%%% 3.2
...
\def\thesection{\arabic{section}}
\setcounter{section}{3}
\section{...}%%% 4
...