私の環境では微かに字下げがなされていたり、改行したら行間が少し開いてしまう
私の知識では対処が難しいですが, そのような症状が発生するサンプルのTeXファイルを提示いただいた方が, 他の詳しい方々も回答しやすくなると思います。
なお, 先日提示したサイトを参考に（コードの意味は理解できていませんが…）私の方で確認をしてみたので結果を載せておきます（コンパイラ：upLaTeX）。
\documentclass{jlreq}
\parindent = 0pt
%先日提示したサイトよりコピペ
\makeatletter
\renewcommand\@makefntext[1]{%
\setlength\parindent{1em}%
\noindent
\mbox{\@thefnmark.~}{#1}}
\makeatother
\begin{document}
これはテスト\footnote{脚注はこのようになります。脚注はこのようになります。脚注はこのようになります。脚注はこのようになります。脚注はこのようになります。}です。これはテストです。これはテストです。これはテストです。これはテストです。
\end{document}