一般フォーラム

polyglossia パッケージは使ったことがないのですが、
単に気になる警告メッセージを表示したいことですが
警告メッセージの意味を汲んで未知の CJK(japanese) の代わりに
既知であろう english を使って \setdefaultlanguage を english としたところ
対処療法はできるようです。

難点は、もしかしたらコーディング自体を english ベースにすることのよって
日本語の部分はそれ相応の記述変更をしなければいけなくなるかもしれない可能性があることです。

diff --git a/sample/001-test.tex b/sample/001-test.tex
index c374594..1130b75 100644
--- a/sample/001-test.tex
+++ b/sample/001-test.tex
@@ -27,8 +27,8 @@
%%------外国文字そのまま-------------------------
  %%　polyglossiaパッケージ %%
\usepackage{polyglossia}
-\setdefaultlanguage{japanese}
-\setotherlanguage{english}
+\setdefaultlanguage{english} % 入れ替える
+\setotherlanguage{japanese}% 入れ替える
\setotherlanguage{latin}
\setotherlanguage[variant=german,spelling=new]{german}
\setotherlanguage[variant=ancient]{greek}


なお　01-sample.tex が添付されていなかったので 01-sample.log から
お試し中の 01-sample.tex を類推・生成し
＆　TEXMFLOCAL からで読み込んでいる以下のパッケージ類の４ファイルを
カレントに配置して検証しました。

      biblatex-japanese.def
      biblatex-japanese.sty
      japanese.lbx
      udline.sty

検証に利用したソースは以下の通り。

\documentclass{ltjsarticle}
\input{001-test.tex}

\begin{document}

Hello

こんにちわ

\end{document}

和田さんがお示しになった対策と似ているように思いますが、
私が以前作った、CJKを含む多言語 polyglossia のサンプルが以下にあります。

https://github.com/t-tk/upmendex-package/tree/master/doc/present/src
https://github.com/t-tk/upmendex-package/tree/sample-dev/doc/samples/latex
の中の
city*.tex

過去に実行したログを見ても、おっしゃるような警告は出ていないようです。

逆に
jp*.tex, zh*.tex などではおっしゃるような警告が出ているようです。