https://github.com/bana118/latex-container-template
こちらのgithubリポジトリを参考に、Dockerでの環境構築を行いました(Dockerfileを編集してtexlive-fullのパッケージのインストールを追加しています)。
サンプルとして用意されているtexファイルは、latexmkおよびsettings.jsonを変更することなく（つまりplatex -> bibtex -> platex -> dvipdfmx）pdfとして出力できました。
その上で、私は章ごとに書き上げた文章を\includeで取り込む形でコンパイルできるようにしたいと考えています。
しかしながら、何度やっても
Latexmk: List of undefined refs and citations:
のエラーが出るので、解決方法をご教示頂きたいです。
私はTex初心者で、エラーのこの部分が本質でない可能性もありますので、実行に用いたファイルを添付しておきます。
よろしくお願いします。
返信ありがとうございます。ref.bibの内容と\citeで引いている文献が異なっているというご指摘と受け取りました。
実際にいくつかミスがあったようなので、main.texの\bibliography{references}を\bibliography{ref}に、example.texのcite{Alkauskas_2014}を\cite{example}に、example2.texの\cite{example1}を\cite{example2}に修正して（この時点では、添付画像のようにVSCodeの拡張機能によりいずれの文献情報も参照できます）再度コンパイルを試みました。
しかしながら、依然として同じエラーメッセージが出ます。これはどのように修正すれば良いでしょうか？
実際にいくつかミスがあったようなので、main.texの\bibliography{references}を\bibliography{ref}に、example.texのcite{Alkauskas_2014}を\cite{example}に、example2.texの\cite{example1}を\cite{example2}に修正して（この時点では、添付画像のようにVSCodeの拡張機能によりいずれの文献情報も参照できます）再度コンパイルを試みました。
しかしながら、依然として同じエラーメッセージが出ます。これはどのように修正すれば良いでしょうか？
原因の概要は以下の通り
1)「\makeindex」しているのに 2)「\index{..}」も 「\printindex」もない ←ここが原因 3) mendex が正常以外のステータスを返すためl 4) atexmk が処理不能で全体としてエラー
※) latexmkrc の $makeindex が mendex でなかったらスルーしていました。
そもそもは、参照したページのサンプルを元に始められたと思いますが、 main.tex は、他を参照して色々とりこんでいますね。
このような場合は、自分が組み込んだコードがまず悪さをするので、 追加したところをコメント化などを利用して 、 一つ一つ理解＆組み込まれると良いと思います。
main.tex の差分は以下の通り
diff --git a/main.tex b/main.tex
index 97b2a4d..6035bf1 100644
--- a/main.tex
+++ b/main.tex
@@ -19,7 +19,7 @@
\usepackage{url}
\usepackage[top=25truemm, left=25truemm, right=25truemm, includefoot]{geometry}
\addtolength{\footskip}{25 truemm}
-\makeindex
+\makeindex %%%% これ書くなら \index と \printindex を記述すること
%
%\setlength{\textwidth}{\fullwidth}
\setlength{\textheight}{38\baselineskip}
@@ -54,10 +54,16 @@
\mainmatter
\include{example}
+\index{index@index} %%%% 少なくとも一つ
+\index{さくいん@索引} %%%% 少なくとも一つ
\include{example2}
+\index{へいわ@平和} %%%% 少なくとも一つ
+\index{せかい@世界} %%%% 少なくとも一つ
%\nocite{*}
+\bibliography{ref}
\bibliographystyle{unsrt}
-\bibliography{references}
+\printindex %%%% 索引をおきたい場所に書くこと
+\end{document}
-\end{document}
\ No newline at end of file
+\end{document}