昨夜の検証時、もっと分析すべきだと反省

さて、「エラーになるけどPDF ができている」に関してですが、
昨夜のログを再度眺めたところ
相互参照を行なっているので、何度か lualatex を起動しているが
相互参照問題が解決できていないためにエラーになっているように
思えます。

まずとりあえずコンパイルして pdf 作ってみる

Running 'lualatex -synctex=1 -interaction=nonstopmode -file-line-error -recorder "./ハンドブックVer.2.tex"'
LaTeX Warning: Citation `10029838636' on page 4 undefined on input line 33.
LaTeX Warning: Reference `eq:rpm' on page 5 undefined on input line 21.
LaTeX Warning: There were undefined references.
LaTeX Warning: Label(s) may have changed. Rerun to get cross-references right.
Output written on ハンドブックVer.2.pdf (7 pages, 358836 bytes).
Latexmk: Log file says output to 'ハンドブックVer.2.pdf'

相互参照されている箇所があるので、も一回コンパイル

Running 'lualatex -synctex=1 -interaction=nonstopmode -file-line-error -recorder "./ハンドブックVer.2.tex"'
LaTeX Warning: Citation `10029838636' on page 4 undefined on input line 33.
LaTeX Warning: There were undefined references.
Output written on ハンドブックVer.2.pdf (7 pages, 359668 bytes).

pdf は作ったけどまだ相互参照に問題ありエラーに

Failure to make 'ハンドブックVer.2.pdf'
Latexmk: Log file says output to 'ハンドブックVer.2.pdf'
Latex failed to resolve 1 citation(s)
lualatex: failed to create output file

C:\texlive\2022\bin\win64\runscript.tlu:915: command failed with exit code 12:

上記ファイルの 915 行目は　「 local ret = assert(os.spawn(ARGV))」となっているので
２回目のコンパイルがエラーと判定されているのだと思います。

ですので、お試しのソースに \ref{eq:rpm} を入れるとエラーになると思います。

IDE だとなんとなくうまくいっているように思えますが、ログをチェックする癖をつけると良いと思います。

ちょっと専門的になりますが、この手のものを検出するとき ripgrep (コマンドは rg) を
使うと思わぬものを見つけることが可能です。

今回は、以下のようなコマンドで調べました。

rg -e Citation -e Running -e Warning -e exit -e failed -e 2.pdf

ripgrep は mac では homebrew などで、windows は chocoletty とか scoop で導入できます。
以上、参考までに