./main.tex(1): Package Fancyhdr Warning: \headheight is too small (12.0pt):
という警告が出るのですが、どうすれば良いですか？教えてください。
log ファイルそのものを読んでください．
おそらく，そのメッセージの「全体」は
次のようになっているのではないでしょうか．
# ただし，（「12.0pt」および）「15.0pt」のところは
# 状況により変動します．
Package Fancyhdr Warning: \headheight is too small (12.0pt):
Make it at least 15.0pt.
とりあえず，log ファイルに出力されているメッセージに
従うとどうなりますか．
# 「\headheight を（少なくとも）15.0pt にする」などという操作は
# 単純な「（寸法の）代入」なので \setlength コマンドなどで
# 実行できます．
あるいは，fancyhdr パッケージなど用いずにヘッダ・フッタを
自力でカスタマイズしてもよいでしょう．
おそらく，そのメッセージの「全体」は
次のようになっているのではないでしょうか．
# ただし，（「12.0pt」および）「15.0pt」のところは
# 状況により変動します．
Package Fancyhdr Warning: \headheight is too small (12.0pt):
Make it at least 15.0pt.
とりあえず，log ファイルに出力されているメッセージに
従うとどうなりますか．
# 「\headheight を（少なくとも）15.0pt にする」などという操作は
# 単純な「（寸法の）代入」なので \setlength コマンドなどで
# 実行できます．
あるいは，fancyhdr パッケージなど用いずにヘッダ・フッタを
自力でカスタマイズしてもよいでしょう．