一般フォーラム

\cfrac の再定義も難しくはないようですが．
# 単に，分数に加えられている支柱（オリジナルの定義では
# \strut）を一定サイズの（あるいは，周囲の文字サイズのみに
# 追随するサイズの）支柱に取り換えれば済むようです．

e.g.

\documentclass{jsarticle}
%%% 標準配布のクラスファイルを用いた場合にも問題ないことを確認済み．
\usepackage{amsmath}
\makeatletter
\renewcommand{\cfrac}[3][c]{%
  {\displaystyle
  \frac{%
      \mathstrut %%% original: \strut
%%% \mathstrut では「支柱の高さ」が気に入らなければ，
%%% 下記の 3 行の記述を（係数 1.2 を適宜変更したうえで）
%%% 用いればよいでしょう．
%      \vrule \@height 1.2\ht\Mathstrutbox@
%            \@depth  1.2\dp\Mathstrutbox@
%            \@width  \z@
      \ifx r#1\hfill\fi#2\ifx l#1\hfill\fi}{#3}}%
  \kern-\nulldelimiterspace}
\makeatother

\begin{document}
$x = \cfrac{a}{\cfrac{b}{c} + \cfrac{d}{e}}$
and
\[
  x = \cfrac{a}{\cfrac{b}{c} + \cfrac{d}{e}}
\]
\end{document}