ありがとうございます.
教えていただいた修正箇所を修正し
\documentclass[dvipdfmx]{jsarticle}
\newcommand{\bm}[1]{{\mbox{\boldmath $#1$}}}
\usepackage{amsmath}
\usepackage{amssymb}
\usepackage{amsfonts}
\usepackage{pdfpages}
\usepackage{mathrsfs}
\usepackage{ascmac}
\usepackage{graphicx}
\usepackage{color}
\usepackage[all]{xy}
\usepackage{cancel}
\usepackage{framed}
\usepackage{latexsym}
\usepackage[truedimen,margin=20mm]{geometry}
\usepackage{adigraph}
\usepackage{emathMw}
\usepackage{tikz}
\usepackage{xcolor}
\usetikzlibrary{positioning}
\def\qed{\hfill $\Box$}
\newcommand{\ctext}[1]{\raise0.2ex\hbox{\textcircled{\scriptsize{#1}}}}
\newfont{\bg}{cmr9 scaled\magstep4}
\newcommand{\bigzerol}{\smash{\lower1.0ex\hbox{\bg 0}}}
\newcommand{\bigzerou}{%
\smash{\hbox{\bg 0}}}
\parindent = 0pt
\begin{document}
\begin{equation*}
\begin{matrix}
\xymatrix{
F(A)\ar[r]^{F(f)}\ar[d]_{\alpha_A}\ar@/_26pt/[dd]_{1_{F(A)}}&F(A')\ar[d]^{\alpha_{A'}}\ar@/^26pt/[dd]^{1_{F(A')}}\\
G(A)\ar[r]_{G(f)}\ar[d]_{\alpha^{-1}_A}&G(A')\ar[d]^{\alpha^{-1}_{A'}}\\
F(A)\ar[r]_{F(f)}&F(A')
}
&
\xymatrix{
G(A)\ar[r]^{G(f)}\ar[d]_{\alpha^{-1}_A}\ar@/_26pt/[dd]_{1_{G(A)}}&G(A')\ar[d]^{\alpha^{-1}_{A'}}\ar@/^27pt/[dd]^{1_{G(A')}}\\
F(A)\ar[r]_{F(f)}\ar[d]_{\alpha_A}&F(A')\ar[d]^{\alpha_{A'}}\\
G(A)\ar[r]_{G(f)}&G(A')
}
&
\NewAdigraph{AdigraphB}{
G-A:0,0:G(A);
G-A':3,0:G(A');
F-A:0,3:F(A);
F-A':3,3:F(A');
}{
F-A,G-A:1:$\alpha_A$;
G-A,F-A:1:$\alpha^{-1}_A$;
F-A,F-A':1:$F(f)$;
G-A,G-A':1:$G(f)$;
F-A',G-A':1:$\alpha_{A'}$;
G-A',F-A':1:$\alpha^{-1}_{A'}$;
F-A,F-A:1:$1_{F(A)}$;
F-A',F-A':1:$1_{F(A')}$;
G-A,G-A:1:$1_{G(A)}$;
G-A',G-A':1:$1_{G(A')}$;
}\AdigraphB{}
\end{matrix}
\end{equation*}
\end{document}
と入力したところ和田さんの言う通りグラフは出力されたのですが
の問題が発生しました.
そこで教えていただいた修正案をやろうと思ったのですがいただいたpdf,以前参照していたサイト,「adigraph サイズを変える」を検索し参照等してみたのですがそれらしきものが見つかりませんでした.
もし方法を知っていましたらご教授お願いします.一応別質問をたてたいと思います.
それに助言ありがとうございます.サイトを参照その他我流でやってきたので助かります.