一般フォーラム

1について

pxchfonのマニュアルのalphabetオプションの説明には

※技術的制約のため、半角等幅のフォントしかサポートされないことに注意してほしい。

と書いてあります。これの意味するところは 「半角等幅のフォントしか使えない（使ってはいけない）、もし使った場合の動作は未定義である（異常な出力になりえる）」
ということです。そのあとに「つまり、この設定を使うと欧文が全て等幅になってしまう。」とあるのは「等幅のフォントしか使えないので、当然出力は等幅になる」というぐらいの意味です。

pxchfonの目的は「ユーザが指定したフォントを使うこと」なので、「使えないフォント」が指定された場合はエラーや警告が出るのが望ましい動作なのですが、残念ながら、（“TeXは実体のフォントを扱わない”ため）TeXの側で「指定されたフォントが等幅であるか」は検査できません。このため、未定義（異常）の出力をしてしまうことが避けられないのです。

ところで、IPAexフォントには「欧文の字形を半角に切り替える」機能を持っています。実はpxchfonの仕様は「そういうフォントについては自動的に（可能な限り）字形を半角に切り替える」となっています。ただし、IPAexフォントのような“AJ1でないフォント”について「字形の切り替え」を有効にするには、unicodeオプションを指定する必要があります。

\usepackage[alphabet,ipaex,unicode]{pxchfon}

2について

「文字が重なってしまう」というのは要するに「使えないフォントを指定したので異常な出力になった」ということです。正常な出力を得たいのであれば、「等幅のフォントを指定する」あるいは「字形を等幅に切り替えられるようにde>unicodeを指定する」ことが必要です。

要するに

ipaexプリセットを使うのであれば、unicodeを指定すれば正常になります。（ただし「等幅になってしまう」。）

\usepackage[alphabet,ipaex,unicode]{pxchfon}

「確かに位置は異常であるが現にプロポーショナルの字形が出力できているんだから、この結果を利用できないのか」という疑問はもっともです。しかし実はこの状態では「TeXの把握している文字位置が実態と乖離している」というヤヤコシイ事態になっています。TeXは「実態の幅」はそもそも知らないので自動で「位置を正しくする」ことは不可能ですが、たとえ\hspaceや\makeboxなどを駆使して手動で調整しようとしても、「乖離」のせいで色々と(La)TeXの理屈に合わない動作が発生してしまうので、「異常な出力を利用する」というのは厄介です。