一般フォーラム

解決策ではありませんが……。

あくまで自分の推測ですが、luaotfloadでは
「既定でUnicode文字に結びついていないグリフ（異体字とか）」
を、U+F0000以降の符号位置に“便宜的に”割り当てて処理をしているような気がしtます。例えば、IPAex明朝で（存在しないはずの）U+F0000以降の文字を出力させると、半角字形や縦書き字形が出てきます。

\documentclass{article}
\usepackage{fontspec}
\setmainfont{IPAexMincho}
\begin{document}
\symbol{"F0001}\symbol{"F0002}\symbol{"F0003}\symbol{"F0004}%
\symbol{"F0005}\symbol{"F0006}\symbol{"F0007}\symbol{"F0008}%
\symbol{"F0010}\symbol{"F0020}\symbol{"F0030}\symbol{"F0040}%
\symbol{"F0080}\symbol{"F0100}\symbol{"F0180}\symbol{"F0200}%
\end{document}

にしき的フォントでしか試していませんが……，

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\documentclass{article}
\usepackage{fontspec}
\usepackage{luacode}
\begin{luacode*}
  my = my or {}
  function my.pua(n)
    local t, c = font.getfont(font.current()), 0
    if t and t.shared and t.shared.rawdata and t.shared.rawdata.descriptions then
      for i,v in pairs(t.shared.rawdata.descriptions) do
        if not v.name and v.unicode==n then c=i; break end
      end
    end
    tex.sprint(tostring(c))
  end
\end{luacode*}
\def\PUACHAR#1{\char\directlua{my.pua(\the\numexpr#1)}}

\setmainfont{Nishiki-teki}
\begin{document}

\PUACHAR{"F0000} \PUACHAR{"F0001} \PUACHAR{"F00A5} \PUACHAR{"F00B3} \PUACHAR{"F012B}
\end{document}
====

% ...shared.rawdata.descriptions[c] は luaotfload が符号位置 c に割り当てたグリフ
% の情報を格納するテーブルですが，この中の unicode エントリを見るとそのグリフの
% 元々の Unicode 符号位置がわかるようです．
% ただ，例えば notdef も「にしき的フォント」の U+F0000 も unicode エントリの値は
% 0xF0000 なので，よくわかりません（上で書いている name の有無では怪しい？）……．