一般フォーラム

emath については emath のドキュメントをご覧ください。

一般論としては，それぞれのTeXディストリビューションによって，推奨が決まっていますので，それに従うのが無難です。角藤さんのディストリビューションでも配布時期によって推奨位置が異なります。ドキュメントをご覧ください。

さらに一般論として，A Directory Structure for TeX Files という原則が決められています。