恐らく emath 以外は追加で導入する必要はないと思います。
通常は標準で入っているものなので。（選択してインストールしていなければですが）
どうしても latex-beamer-3.07 にこだわりたいなら ProvidesPackageRCS がある行を全部削除するかダミーを作成するかで対応できると思います。
追加インストールする場合は /usr/local/texlive/2019/texmf-dist/tex/latex ではなく /usr/local/texlive/texmf-local/ に入れておけば、修復は用意だったのですが。既にパッケージを壊してしまった城代ですので、時間はかかりますが /usr/local/texlive/2019 を削除して再インストールが一番確実だと思います。