解決したかもしれません．
ご指摘部分を修正後，
テキストエディタで，と言うところにインスピレーションをうけ，
Lyxファイル自体をテキストファイルでチェックしました．
その結果，
\inputencoding utf8-platex
であるべきところが
\inputencoding utf8
になっていました．
これはおそらく
最初の工程の
TeX−＞LyX変換で起こったことだと思います．
Latex(pLaTeX)->LyX
変換子$$s/../MacOS/tex2lyx -e utf8 -f $$i $$oを使用しましたが，
何かの変換ミスでしょうか？
その後も変換ミスらしきものが散見され，
・\mathrmが\mathrmdに誤変換されていたので修正
・添付画像名が"M_xxx"だったりすると，フォルダMの中のxxxと変換された
・subfigure関係がグダグダになってしまい書き直した
等の修正を経て，何とか出力に成功しました．
成功したものの，いろいろ小細工されたTeXをLyXに落とし込んで使うのは至難だなと思いました．