一般フォーラム

＞文字のポイント数を9.41→9.42→9.43と変更すると、
そのような微妙な差で行数に影響する例は知りませんが，
似たような例はあります．

実際，TeX には「間延びした行」と「詰まりすぎた行」が
隣接するのを避けるような調整を行うためのパラメータがあります．
その調整の結果と行分割可能位置の現れ方によっては，
下記の例のように「1 文字削除したにもかかわらず行数が増える」ことが
起こり得ます．
これは，「文字サイズを減らしたにもかかわらず行数が増える」場合と
似ています．
# 一方，「文字サイズを増やしたときに行数が増えた」点については
# （文字サイズの増加量が微小でなければ普通に起こることですから）
# 気にするまでもないと思います．

\documentclass{jarticle}
\begin{document}
\parbox{21zw}{実数$\alpha = p + q\sqrt{2}$（$p$，$q$は有理数）
に対して，
$N(\alpha) = p^2 - 2q^2$とおく．
また，$p - q\sqrt{2}$を$\bar{\alpha}$と書くと，
$N(\alpha) = \alpha \bar{\alpha}$である．
このとき，$\beta = p' + q'\sqrt{2}$（$p'$，$q'$は有理数）に対して，
$\overline{\alpha \beta} = \bar{\alpha} \bar{\beta}$である
ことに注意すると，
$N(\alpha \beta) = (\alpha \beta) \overline{\alpha \beta}
= \alpha \bar{\alpha} \beta \bar{\beta}
= N(\alpha) N(\beta)$であることがわかる．}

\medskip

\parbox{21zw}{実数$\alpha = p + q\sqrt{2}$（$p$，$q$は有理数）
に対し，%%% 上のテキストでは「に対して，」で，こちらでは「て」1 文字を削除
$N(\alpha) = p^2 - 2q^2$とおく．
また，$p - q\sqrt{2}$を$\bar{\alpha}$と書くと，
$N(\alpha) = \alpha \bar{\alpha}$である．
このとき，$\beta = p' + q'\sqrt{2}$（$p'$，$q'$は有理数）に対して，
$\overline{\alpha \beta} = \bar{\alpha} \bar{\beta}$である
ことに注意すると，
$N(\alpha \beta) = (\alpha \beta) \overline{\alpha \beta}
= \alpha \bar{\alpha} \beta \bar{\beta}
= N(\alpha) N(\beta)$であることがわかる．}
\end{document}

%%% （LuaTeX の挙動の詳細は知りませんが）オリジナルの TeX でも
%%% 起こりうる例を挙げました．

LuaTeX-jaというのも jlreqcls というのも jlreqv というのも
知らない（手許の環境には含まれていないもので）のですが、
古典的なクラスファイル（jarticle.cls とか）を使用し、行長を jlreq.cls に
おけるものと揃えて件のテキストを置いたうえで、\fontsize あたりで
文字サイズをいじりながら通常の（つまり Lua でない）pLaTeX で
タイプセットしてみれば、これらに固有の問題かどうか、見当がつくのでは
ないでしょうか。

一応，インストールしてあるのは
tl2018のfrozenのはずですが
9.41, 9.42, 9.43でそれぞれ14, 14, 13行です．
いい機会だったので
tl2018-frozenのdockerのimageも作ってみて
やってみましたが同じでしたが，
9.4ptにすると13行になりました．

文字を小さくすると入る行が減りました．

\baselineskipと\textheightの値を追いかけてください．
文字サイズを変えると
それに応じてこの二つの値が変わります．

1ページに入る行数は，おおざっぱには
行数に関する方程式
(行数-1) x \baselineskip + 文字の大きさ = \textheight
の解の整数部分で，
（さらに\baselineskip/\textheightも文字の大きさの関数
になっているようです）
この値が，単調に増加するわけではないのだと思います

以下はTeX Live 2018 frozen + jlreq 2018-04-01で試しています．

結論から言うと，意図しない動きでした．以下のソースでjlreqにバグがあることがわかります．
\documentclass[lualatex,tate,onecolumn,hanging_punctuation,paper=a6,book,fontsize=9.42pt,
number_of_lines=14 % 14行指定なのに13行になる
]{jlreq}
\usepackage{bxjalipsum}
\begin{document}
\jalipsum[1]{wagahai}\par
\jalipsum[2]{wagahai}
\end{document}

おそらく，14行にするように設定したつもりの\textheightが（計算誤差で？）わずかに14行には足らず，13行になってしまったのではないかと思います．提示されているソースでも，内部で一度14行にすると決定されています．

\addtolength{\textheight}{0.001pt}などとしてちょっとだけ増やすと行数が増えることが確認できるかと思います．本体にも入れておこうと思います．