以下のようにして節のラベルを変更し、式番号を（節、通し番号）となるようにつけています。
\documentclass[disablejfam,a4j,11pt]{jsarticle}
\usepackage{mathpazo}
\usepackage{amsmath}
\usepackage{bm}
\usepackage{txfonts}
\usepackage{textcomp}
\usepackage{amssymb}
\usepackage[dvips]{graphicx}
\usepackage{wrapfig}
\usepackage{multirow}
\usepackage{ascmac}
\usepackage{longtable}
% 数式番号に章番号を追加
\makeatletter
\@addtoreset{equation}{section}
\def\theequation{\thesection.\arabic{equation}}
\makeatother
%節を第～章とする.
\renewcommand{\presectionname}{第}
\renewcommand{\postsectionname}{章}
\begin{document}
\section{hogehoge}
\begin{align}
a+b=c
\end{align}
\begin{align}
a+b=c
\end{align}
\section{hoge}
\begin{align}
1+2=3
\end{align}
\end{document}
ここで数式番号に（第X章.1）とついてしまいますが、これを回避して(X.1)などとするにはどのようにしたらいいのでしょうか。
最初は節を
\section*{第1章 hogehoge}
としていましたが、さまざまな問題（目次に出すためにはその都度目次に出すように指定しなくてはいけない、節番号を自分で数えなければならない）があり、何とかsectionは現在のままで、うまく数式番号を付けられないかと考えています。