試してみるとひらがなが文字化けしてしまいました。
原因を探ってみると otf.sty での expert 設定でした。
expert を外すと文字化けはなくなりました。
以上報告まで。
pxufont パッケージ（の最新版※）を読み込むと正常になります。
（※0.3版でupLaTeXへの対処が追加されている。）
% upLaTeX文書
\documentclass[uplatex,a4paper]{jsarticle}
\usepackage[expert]{otf}
\usepackage[sourcehan-otc]{pxchfon}
\usepackage{pxufont}
\begin{document}
% enumiを丸数字に
\renewcommand{\theenumi}{\ajLabel\ajMaru{enumi}}
\renewcommand{\labelenumi}{\theenumi}
\begin{enumerate}
\item 新しい朝が来た。
\item \textgt{希望}の朝だ。
\end{enumerate}
\end{document}
ただし、実際にexpert字形が適用されるわけではありません。（源ノフォントの場合はそもそもexpert字形は存在しないので問題にならない。）
もしかすると、ifptex.sty（または ifuptex.sty）の古いのが混ざっているのかもしれません。
ほぼ最新のTeX Liveだと、9/6投稿のサンプル文書の \listfiles は以下のようになっています。
*File List*
upldefs.ltx 2017/08/05 v1.6h-u00 upLaTeX Kernel (Default settings)
jy2mc.fd 1997/01/24 v1.3 KANJI font defines
jy2gt.fd 1997/01/24 v1.3 KANJI font defines
jt2mc.fd 1997/01/24 v1.3 KANJI font defines
jt2gt.fd 1997/01/24 v1.3 KANJI font defines
ukinsoku.tex
jsarticle.cls 2017/03/05 okumura, texjporg
jslogo.sty 2017/02/24 okumura, texjporg
otf.sty 2013/11/17 v1.7b6 psitau, u0.18 ttk
keyval.sty 2014/10/28 v1.15 key=value parser (DPC)
ajmacros.sty 2005/12/25 13:52 iNOUE Koich!
pxchfon.sty 2017/06/29 v1.0b
pxufont.sty 2017/07/07 v0.3
ifuptex.sty 2017/05/04 v1.1-pre upTeX checker
ifptex.sty 2017/05/04 v1.1-pre pTeX checker
※バージョン表記が“-pre”のままなのは単なるミスです。CTAN登録のバージョンは“v1.1”です。
どこで定義されているのでしょう。
“v1.1-pre”だと、以下の箇所です。
[ifptex.sty l.191]
%%<+>D \ifNativeupTeX == \ifnativeupTeX
\global\bxip@csletcs{ifNativeupTeX}{ifnativeupTeX}
どうやら、pxchfon の新しい v1.1a[2017/09/09] がもうTeX Liveに入っているようです。
この版では、sourcehan 等のプリセットが指定された場合は自動的に pxufont を読み込みます。また、旧版では異常だったクオート（欧文引用符）の出力が正常になります。
% upLaTeX文書
\documentclass[uplatex,a4paper]{jsarticle}
\usepackage[expert]{otf}
\usepackage[sourcehan-otc,dumpmap]{pxchfon}
%\usepackage{pxufont}% 自動的に読み込まれる
\begin{document}
% enumiを丸数字に
\renewcommand{\theenumi}{\ajLabel\ajMaru{enumi}}
\renewcommand{\labelenumi}{\theenumi}
\begin{enumerate}
\item 新しい\CID{13706}野家が来た\ajLeftBArrow\ajWhiteFlorette
\item “希望”の\UTF{9AD9}島屋だ\ajSnowman\ajHotSpring
\end{enumerate}
\end{document}
Z.R. 様
此のフォーラムで引用されたZ.R.様のコピー&ペーストです。
============ quotative from Mr Z.R ==========
% upLaTeX文書
\documentclass[uplatex,a4paper]{jsarticle}
\usepackage[expert]{otf}
%\usepackage[sourcehan-otc,dumpmap]{pxchfon}此方（オプション有り）をコメントアウト、したらコンパイルできた。
\usepackage{pxufont}% 自動的に読み込まれる
\begin{document}
% enumiを丸数字に
\renewcommand{\theenumi}{\ajLabel\ajMaru{enumi}}
\renewcommand{\labelenumi}{\theenumi}
\begin{enumerate}
\item 新しい\CID{13706}野家が来た\ajLeftBArrow\ajWhiteFlorette
\item “希望”の\UTF{9AD9}島屋だ\ajSnowman\ajHotSpring
\end{enumerate}
% enumiを丸数字に
\renewcommand{\theenumi}{\ajLabel\ajMaru{enumi}}
\renewcommand{\labelenumi}{\theenumi}
\begin{enumerate}
\item 新しい朝が来た。
\item \textgt{希望}の朝だ。
\end{enumerate}
\end{document}
=====================================quotative finish =========
以上です。 若松拝
えーと、わかりにくくてすみません。先の（9/10 23時の）話はpxchfonの新版についての話でした。
pxufontの用途については以下のように考えてください。
- 原則として、pxchfonの特定の設定（例えば源ノフォント系のプリセットの使用）と併用することを想定している。
- なので、それ以外の設定の場合（ヒラギノを使う場合、そもそもpxchfonを使わない場合）にpxufontを使うことは想定していない。
- pxchfonの新版では“その想定される場合”には自動的にpxufontを読み込むのがデフォルトの動作になる。だから、わざわざ自分でpxufontを読み込むことは考えなくてもよい。
Z.R.様
色々有り難うございます。
「pxufontの用途については」云々、承知しました。
最近「upLaTeX」を使い続ける様になりましたので、
レベルアップの為の挑戦を考え試した次第です。
「源ノフォント系のプリセットの使用」と言う項目について
不如意ですが、まず「源ノフォントの導入」を試みてから、
再挑戦してみようと思っています。が、インストール環境を
整えるのに手間取っています。
[http://qiita.com/zr_tex8r/items/15ec2848371ec19d45ed]や
[http://qiita.com/zr_tex8r/items/9dfeafecca2d091abd02]を参考に
したり。
[https://github.com/adobe-fonts/source-han-serif/blob/master/README-JP.md]では
（AFDKO）がインストールされている必要があります。と言う所で手詰まり状態です。
貴君のサイトでの解説「マクロツイーター」も読み始めていますが、
未だ消化が出来ていない段階です。
無事「源ノフォント系」が導入できたらと、希望的観測は持っていますが。
TeX WiKiのForumで未知の方法を見つけると、ついつい試したくなる音楽家の性分が今回も出てしまいました。 若松拝
追伸
今後も、色々ご指導頂ければ幸甚です。
「源ノ明朝」「源ノ角ゴシック」のダウンロードについては、次の記事を読むといいでしょう。
Z.R.様
落語の「青菜」では無いのですが
既に源ノ字は「九郎判官」義経で、
ダウンロードは終了していて、Macの
FontBookには登録されてる状態です。が
未だ「LINK網に掛からない」状態です。
SourceHansSans.ttc
SourceHansSansJP-X.otf （14種類）
Noto Sans CJKjp-XX.otf (12種類)
等は既に
[ USRS > Library > Fonts > ]の場所に入っています。
１.PDFへの貼り込みの為の設定は以前実行した
「出力のフォントをヒラギノ」へ指定する
方法と同様な事を実施すれば「源ノフォント」が出力されるのか？
2. その際の「フォント名称」をどうしたら良いのか？
（フォントの指定名称が良く理解出来ていません）
3. TeXLive2017 OSX10.11.5 ElCapitanでの
環境で「フォントのヒラギノ」を使える状態を保持し
且つ、「源ノフォント」が出力できる為の実施手順は？
此れ等の方法をご教授願えれば幸甚です。若松拝