お世話になります．
wgnuplot4.3-p0
platex 3.1415926-p3.1.10 (sjis)
dviout
dvipsk
dvipdfmx
を使用しています．
epsは添付したファイルです．
下のソースでdviを作ってdvioutで表示させると，clipの有無にかかわらず Y=256 の位置でグラフの上部が切れます．
dvipsk, dvipdfmxで作るpsやpdfでは，clipしたときには同様ですがclipしない場合には，グラフの上部は切れません．
いずれもclipの使い方(引数?)が間違っているのでしょうか?
また，gnuplotでepsを作る時の設定を工夫する必要があるのでしょうか?
includegraphicsのclipの使い方をちゃんと理解していないことが原因と思います．ピントはずれな点もあると思いますが，ご教授をお願いいたします．
%
\documentclass{jsarticle}
\usepackage[dvips, dvipdfm]{graphicx}
%
\begin{document}
%
%
\begin{figure}[htbp]
\begin{center}
\includegraphics[width=10cm, clip]{wave.eps}
\caption{includegraphics[width=10cm, clip]}
\end{center}
\end{figure}
%
%
\begin{figure}[htbp]
\begin{center}
\includegraphics[width=10cm]{wave.eps}
\caption{includegraphics[width=10cm]}
\end{center}
\end{figure}
%
%
\end{document}
端的にいうと、EPS の BoundingBox 指定が正しくないのが画像が切れる原因です。恐らくは、ソフトウェアの不具合なのでしょう。
wave.eps の先頭に
%%BoundingBox: 50 50 301 226
とあり、これはその EPS の用意する平面の中で実際に図があるのが、(50,50)-(301,226) の範囲にあることを宣言していますが、実際の図はこの範囲をはみ出しています。226を250とかに変えると、clip 指定でも図が切れなくなります。
\includegraphics 命令の clip オプションは、この BoundingBox からはみ出た部分を消してしまう指定です。clip がないとはみ出た部分も描画されますが、それは LaTeX が用意した図の領域から出ることになり、外にある字と重なる可能性があります。また、dviout では、処理の都合上 clip がなくてもあるのと同じ動作になると思われます。
「TeX Q&A」のサイト内検索で BoundingBox について調べるとより多くの情報が得られるはずです。