最近 LuaLaTeX-ja パッケージを(コマンドラインからだとlualatex hoge.tex)好んで用いている者です．
前置き無しで申し訳ありませんが，その ltjsarticle 上で TikZ を用いた例えば次の様な指示を出力しようとすると；
\filldraw [fill=blue, opacity=.5, draw=Indigo] (5,0) arc (0:45:2) --(3,0)--cycle;
（(5,0)を出発点に半径2の弧を0°から45°まで描き，(3,0)を経由して出発点まで線分で戻って囲んだ，透明度50%の青で塗った扇形）
xcolor パッケージに Indigo なんて色はないよ！ と怒られてしまいます
xcolor や graphicx は勿論用いていますし，他にそういったパッケージに干渉するような入力はしていないと思うので，本当に不躾ながら恐らく LuaTeX-ja 側の問題かなと思っております．
あと，これは個人的な疑問なのでお答えは全く頂戴しなくて結構ですが，lt"js"article という名称になっているということは，このパッケージは奥村先生が製作されたのでしょうか？ というのも彼氏の『LaTeX2e 美文書作成入門』に jsarticle クラスがご自身の制作であると書かれていたので．