汚いアイデアとして
http://mechanics.civil.tohoku.ac.jp/bear/jsce/
の「講演会」あるいはその右の「zip」をクリックして
jsceconf.lzh, zip の中のを試してみてください。
左の段に脚注があるとして，右の段の中間あたりに
\adjustfootnotespace[0mm] % アスキー platex
という行を入れていただければ，左の段の脚注と同じ高さの
ブランクの脚注を右の段にも挿入します。ただし，
脚注線を重ねがきしますので，この 0mm を調整する必要が
あるかもしれません。土木学会は，日本語の斜体とか，
二段組で一段の脚注とか，無茶ばかり言ってくるので
かなり昔に工夫した汚い方法です。昔なので，このスタイル
ファイルのどこを使えばいいか，いますぐはわかりません。
使ってみたいという場合には連絡ください。
ページ番号については，プリアンブルに \pagestyle{plain} を
入れた上で，さらに jsceconf.sty の \maketitle のすぐ右の
\pagestyle{empty} を plain に変更してください。