一般フォーラム

El Capitanで変わったのはヒラギノフォントのパスと形式です。
ヒラギノを使わないなら（例えばIPAフォントを使うなら）問題ありません。
サポートページをご覧ください。
いずれにせよ，TeXShopは最新版のほうがいいと思います。

おそらく誤解されているようですが、
TeXShop というのは「TeX を使いやすくするためのエディタ」の一種で、統合環境とよく呼ばれます。
TeXShop は最新版でないと El Capitan で動かないでしょうから、奥村先生の指示どおりサイトから新しいものをダウンロードしたところまでは正解です。

で、platex とか latex とか tlmgr とかいうのは、TeXShop が必要とする TeX 本体一式に含まれるプログラムの名前で、こうしたプログラム一式を「TeX ディストリビューション」といいます。
美文書6版のインストーラは「TeX Live 2013 という TeX ディストリビューション」をインストールし、さらに「TeXShop とか TeXworks とか TeX2img とかいう統合環境」をインストールします。
両方が正しくインストールされて初めて、快適に LaTeX を使えるようになります。

問題は、El Capitan で美文書6版に付属のインスール DVD が正常に動作するかどうかです。
Yosemite 以前に DVD からインストールした場合は、El Capitan にアップデートすれば tlmgr の例のコマンド実行云々で済むのですがl、El Capitan に一からインストールするのがうまくいくという報告例はまだきいていません。