うーん、私の感覚としては拡張子対策はどうでもよくて「利用したいパッケージが依存している
パッケージのせいで思いがけない衝突が起こる」のをなるべく減らしたいのです。
先日も TikZ と graphicx の共存時に xcolor のせいで図が取り込めないという件がありました。
おそらく今回の hyperref の場合も、colorlinks=true にすると color が dvips.def を呼ぶせいで
graphicx の dvipdfmx.def が上書きされて図の取り込みに失敗する（あるいは図の位置がずれる）はずです。
hyperref パッケージに関しては \usepackage[dvipdfmx,...]{hyperref} というドライバ指定のインタフェースが
整っているので、依存パッケージに \PassOptionsToPackage する処理が漏れているのは使いづらいかなと思ったのです。
colorlinks=true をデフォルトにしてある tex4ht ドライバには \PassOptionsToPackage してあるので、
単純に漏れているだけ（colorlinks=true にするユーザが少なくて気づくきっかけも少ない）ではないでしょうか。
Oberdiek さんに伝えるべきではないでしょうか。