原因は、colorlinks オプションを指定した場合に color パッケージを \RequirePackage するのですが、hyperref と graphicx に
共に dvipdfmx ドライバ指定していてもなお color が dvips.def を読もうとするからでした。
これは hyperref.sty (2012/11/06 v6.83m) のコードの2974行目以降
\DeclareVoidOption{dvipdfmx}{%
\HyOpt@CheckDvi{dvipdfmx}{%
\def\Hy@driver{hdvipdfm}%
}%
}
を以下のように修正すると正常化します。
\DeclareVoidOption{dvipdfmx}{%
\HyOpt@CheckDvi{dvipdfmx}{%
\def\Hy@driver{hdvipdfm}%
\PassOptionsToPackage{dvipdfmx}{color}%
}%
}
問題無さそうならパッチを適用していただければと思います。
追記:最初の書き込みで
\kvsetkeys{Hyp}{colorlinks}%
という行を書いていましたが、これは付けてはいけないので訂正しました。