さて、TeXLive 2014 の uplatex を使ってJISX0213の漢字約一万文字が処理できるか試してみました。
otf パッケージを jis2004 オプション付きで取り込むと 悞 (区点:1-84-50 / SJIS:0xEAD0 / UCS:U+609E)という一つの文字だけが Glyph missing in font. (CID=21558, code=0x65df) という警告メッセージがでます。画像もグリフなしを示す四角い箱にバッテンになります。その他は、問題ありませんでした。
JISX0213 全部 unicode で記述できるようになったので otf パッケージを使う頻度は少なくなりますが、それでも必要なときは ipamj明朝用パッケージ pxipamjm で \MJI*{011606} などで逃げることはできるので、問題はないのですが、仕様の範囲なのかわからないのですが報告しておきます。サンプルは以下のものを使って試しました。
\documentclass[uplatex]{jsarticle}
\usepackage[uplatex]{otf}
%\usepackage[uplatex,jis2004]{otf}
\begin{document}
悞
\end{document}